笔者认为，生态循环机制是决定农业内在系统是否健康的关键机制，也是新时期生态农业的核心机制。人的身体内在系统如果出现阻塞，人就不会健康。同样，生态循环机制没有建好，农业也不可能健康可持续发展。例如，秸秆是否循环利用了，畜禽粪便是否循环利用了。如果做好了生态循环的文章，农业的内在系统就健全了，农业上的很多根本性问题也就迎刃而解了：土壤的有机质含量就会不断提高，土壤的理化性状也会越来越好，耕地的质量问题也就随之提高了。在这样好的土地上，农业不仅会可持续增长，而且农产品质量也可以从源头上得到保证。
3.1 生态农业核心机制建设的理论依据
笔者长期从事生态循环农业研究，参与了大量的生态循环农业模式的实践。在实践过程中，为了让团队的每个成员都能准确地把握生态循环的要点，根据传统生态农业的精髓和市场经济环境的要求，归纳出了“价值循环理论”。同时，在和基层工作人员的合作中、在与专家学者的座谈和研讨中，笔者发现该“价值循环理论”有助于把握工作和思维的方向。因此，笔者认为，“价值循环理论”可以作为发展现代高效生态农业、促进农业可持续发展的最直接理论之一。
“价值循环理论”可概述如下：
现代社会的经济体不仅仅创造和实现价值，更应该关注价值的循环。从本质上来看，价值的循环可以保证在有限的资源条件下更多地创造和实现价值。如果经济体内部的所有物质单元（包括无机物和有机体）都能充分地以价值形式实现循环，才能向经济体外提供最大的价值总量。这里的价值总量是“正价值”量减去“负价值”量后的“净价值”量。所谓“正价值”，就是经济体提供的产品所体现的符合购买者需求的效用价值；所谓“负价值”，就是经济体的行为对资源环境和经济社会造成的负面影响对应的价值损失，这种价值损失有时不是直接体现在当下，而是在未来的一段时间里逐渐显现。衡量经济体的好坏不能只衡量“正价值”量，也就是说，经济体的成果中应该减去相应的“负价值”现值。
经济体内部的物质单元如果附在产品上走出经济体，就会形成“正价值”，如果附在不再被循环利用的废弃物上走出经济体，就会形成“负价值”。只有物质单元在经济体内充分循环，多次地经过生产过程，才能更多地附在产品上走出经济体，经济体才会在同样资源投入的前提下形成较大的“正价值”量和较小的“负价值”量。
如何才能使物质单元在经济体内多次地经过生产过程实现充分循环呢？只有用价值这只船载上物质单元，才能使他们畅通循环，因为经济体内部的各部分也是完全或不完全的经济理性单位，他们需要通过价值链进行交易，也就是说，他们计较的是价值。
3.2 生态农业核心机制建设理论的诠释
3.2.1生态农业的精髓是物质单元多次经过经济体内部的生产过程
农业废弃物多为有机废弃物，收集并加以资源化处理，不仅可获得补充或代替能源,而且还可以增加农业生产资料，如种植业的有机肥、畜牧业的饲料、菌菇业的基料等，这是生态循环机制的一项重要内容。农业中的复合产业体系是实施生态循环机制的广阔天地，种植业、养殖业、畜牧业、菌菇业、农产品加工业以及新兴的旅游业、服务业等，完全可以利用生态循环链条连成一体，把以农产品生产为目的动脉产业和废弃物处理为主的静脉产业穿插结合，为物质单元多次经过生产过程创造条件，谋求资源的高效利用和废弃物的“零排放”，充分体现生态循环的本质要求，以实现农业产出高增长、农业资源消耗低增长、农业环境污染负增长的发展格局。
3.2.2生态农业的目的是物质单元更多地附在产品上走出经济体
这一部分是以上一部分为前提的，也就是说，如果经济体内部的物质单元多次经过生产过程，才能向经济体外提供更多的产品量,产生更大的价值总量。任何一个经济体，在产生产品的同时，总是要排放废弃物，尽管我们努力朝着零排放的目标努力，但或多或少地排放是一时无法完全避免的。如果物质单元多次经过生产过程，就可以更多地附在产品上而不是附在废弃物上走出经济体。例如，种植业的秸秆原本是有机剩余物，大多数情况下被当着废弃物，但如果还田或通过其他途径再利用，秸秆中的物质单元就可以转化为产品中的物质单元，不再是经济体排放的废弃物中的物质单元，经济体就可以提供更多的产品。
附在产品上走出经济体就会形成“正价值”，附在废弃物上走出经济体就会形成“负价值”。因此，衡量经济体的好坏不能只衡量产品价值量，即“正价值”量，还应该减去相应的“负价值”。由于这种“负价值”对社会经济和生态环境的损耗不是完全直接体现在当下，而是在未来的一段时间里逐渐显现，因此每年减去的“负价值”应是分摊的现值。
3.2.3生态农业的保障是用价值之船载上物质单元在经济体内畅通循环
由上可知，只有让经济体内的物质单元多次经过生产过程，再能使物质单元更多地附在产品上走出经济体。但是，让物质单元在经济体内实现充分循环并不是件简单的事，必须有合理的运行法则来保障。我们知道，经济体内部的各部分也是完全或不完全的经济理性单位，他们的主要动力来源于利益的刺激。而利益的背后是价值的分配，也就是说，他们关注的主要是价值。
